Theo Thông tư này, Hệ thống mục lục ngân sách nhà nước được phân theo: Chương (Phụ lục 1); Loại, Khoản (Phụ lục 2); Mục và Tiểu mục (Phụ lục 3); Chương trình, mục tiêu và dự án quốc gia (Phụ lục 4); Nguồn ngân sách nhà nước; Cấp ngân sách nhà nước. Hệ thống Mục lục ngân sách nhà nước này được quy định thống nhất toàn quốc.
Cụ thể, đối với trường hợp phân loại mục lục ngân sách nhà nước theo “Chương” thì mỗi cấp ngân sách bố trí một Chương đặc biệt để phản ánh các khoản thu, chi ngân sách không thuộc dự toán giao cho các cơ quan, tổ chức.
Chương được mã số hoá theo 3 ký tự theo từng cấp quản lý. Đối với cơ quan ở cấp trung ương, mã số từ 001 đến 399; cơ quan ở cấp tỉnh, mã số từ 400 đến 599; cơ quan ở cấp huyện, mã số từ 600 đến 799 và cơ quan cấp xã là mã số từ 800 đến 989.
Đối với cơ quan chủ quản hoặc đơn vị, tổ chức kinh tế được bố trí mã riêng cho từng cơ quan chủ quản hoặc đơn vị, tổ chức kinh tế; các đơn vị trực thuộc cơ quan chủ quản được sử dụng mã Chương của cơ quan chủ quản. Đối với các đơn vị, tổ chức kinh tế hoặc cá nhân độc lập, có cùng tính chất được bố trí mã Chương chung cho các đơn vị.
Các khoản thu ngân sách nhà nước hạch toán theo Chương của đơn vị quản lý và có nghĩa vụ nộp ngân sách nhà nước còn các khoản chi ngân sách nhà nước của đơn vị sử dụng ngân sách, dự án đầu tư hạch toán theo Chương cơ quan chủ quản. Căn cứ mã số Chương nằm trong khoảng cấp nào, để xác định Chương đó thuộc cấp quản lý tương ứng.
Đối với việc ủy quyền, trường hợp cơ quan, đơn vị được cơ quan thu ủy quyền thu thì hạch toán theo Chương của cơ quan ủy quyền thu. Riêng các khoản thu do cơ quan thuế, cơ quan hải quan ủy quyền thu hạch toán vào chương người nộp. Trường hợp cơ quan, đơn vị sử dụng kinh phí uỷ quyền của cơ quan khác, hạch toán theo Chương của cơ quan uỷ quyền chi. Các trường hợp phân loại khác mời xem chi tiết tại thông tư này.
Thông tư này áp dụng từ năm ngân sách 2017. Cụ thể, đối với năm ngân sách 2017 thực hiện theo quy định tại Quyết định số 33/2008/QĐ-BTC và các văn bản sửa đổi, bổ sung. Việc chuyển đổi mã số hạch toán ngành, lĩnh vực đầu tư theo Quyết định số 40/2015/QĐ-TTg và lĩnh vực chi ngân sách nhà nước theo Luật Ngân sách nhà nước số 83/2016/QH13 sang danh mục mã số nhiệm vụ chi năm ngân sách 2017 được thực hiện theo Bảng chuyển đổi số 01/BCĐ kèm theo Thông tư này.
Từ năm ngân sách 2018 trở đi thực hiện thống nhất theo quy định tại thông tư này. Việc chuyển đổi mã số hạch toán ngành, lĩnh vực đầu tư theo Quyết định số 40/2015/QĐ-TTg và lĩnh vực chi ngân sách nhà nước theo Luật Ngân sách nhà nước số 83/2016/QH13 sang danh mục mã số nhiệm vụ chi mới được thực hiện theo Bảng chuyển đổi số 02/BCĐ kèm theo Thông tư này./.