Hiện nay, NHNN đang áp dụng lãi suất tái chiết khấu ở mức 4,5%/năm, lãi suất tái cấp vốn ở mức 6,5%/năm, lãi suất mua kỳ hạn 7 ngày trên thị trường mở khoảng 5%. Lãi suất huy động không kỳ hạn và kỳ hạn ngắn dưới 1 tháng của các TCTD dao động từ 0,8%/năm đến 1%/năm, lãi suất có kỳ hạn từ 1 tháng đến dưới 6 tháng dao động ở mức 4,5-5,4%/năm.
Thêm vào đó, sự phối hợp giữa thị trường tiền tệ và thị trường trái phiếu ngày càng chặt chẽ hơn, NHNN và Bộ Tài chính thường xuyên trao đổi thống nhất trong điều hành lãi suất. Theo đó, mức lãi suất trái phiếu Chính phủ kỳ hạn 5 năm những tháng đầu năm nay dao động trong khoảng từ 5 - 5,6%/năm. Với mức lãi suất này, việc tham gia nghiệp vụ thị trường mở của các NHTM chỉ vì mục đích thanh khoản.
Thực tế, nếu lãi suất chỉ đạo đi ngoài quỹ đạo thị trường thì việc điều tiết thị trường sẽ gặp rất nhiều rào cản. Điều này diễn ra khi lãi suất chỉ đạo (chiết khấu, tái cấp vốn, thị trường mở) không điều tiết được và thường phải chạy theo lãi suất thị trường. Khi đó sự phối hợp giữa thị trường tiền tệ và thị trường trái phiếu Chính phủ thiếu chặt chẽ. Các mức lãi suất chỉ đạo của NHNN, nhất là lãi suất thị trường mở rất thấp so với lãi suất thị trường liên ngân hàng và lãi suất tiền gửi huy động ngắn hạn của các NHTM.
Chẳng hạn năm 2003-2004 lãi suất huy động tiền gửi 3 tháng của các NHTM xoay quanh mức từ 6-6,6%/năm, trong khi đó lãi suất tái cấp vốn chỉ ở mức 5-5,5%/năm. Đồng thời mức lãi suất tín phiếu, trái phiếu Chính phủ lại cao hơn khá nhiều so với lãi suất trên thị trường mở, mặc dù kỳ hạn trái phiếu có dài hạn hơn, song các NHTM vẫn có thể lợi dụng được mức chênh lệch lãi suất này để kiếm lời qua việc mua trái phiếu Chính phủ và bán trái phiếu có kỳ hạn qua nghiệp vụ thị trường mở của NHNN.
Tuy nhiên, cách thức này đến nay khó thực hiện, do NHNN đã từng bước điều chỉnh sự bất hợp lý của lãi suất chỉ đạo, đưa lãi suất chỉ đạo vào quỹ đạo của lãi suất thị trường. Một mặt, là để NHNN có thể điều tiết được lãi suất thị trường bằng công cụ lãi suất và chủ động trong điều hành chính sách tiền tệ. Mặt khác, đó cũng là bước phát triển tất yếu của thị trường tiền tệ trong bối cảnh hội nhập ngày càng sâu rộng. Theo đó, NHNN đã điều chỉnh tăng dần các mức lãi suất chỉ đạo theo hướng cao hơn mức lãi suất huy động bình quân kỳ hạn ngắn của các TCTD và tạo hành lang dao động cho lãi suất liên ngân hàng.
Thêm vào đó, để tránh áp lực nhà điều hành phải bơm tiền quá nhiều cho các TCTD nhằm mục tiêu kiểm soát lạm phát, NHNN đã có quy định về tỷ lệ đầu tư vào trái phiếu của các TCTD. Điều đó có nghĩa là không cho phép các TCTD đầu tư quá nhiều vào trái phiếu Chính phủ.
Theo quy định hiện hành, tỷ lệ đầu tư trái phiếu Chính phủ so với nguồn vốn ngắn hạn đối với các chi nhánh ngân hàng nước ngoài, NHTMCP, ngân hàng liên doanh, ngân hàng 100% vốn nước ngoài là 35%, NHTM Nhà nước và NHTM Nhà nước có cổ phần chi phối là 25%.
Quy định này, không những để NHNN chủ động trong kiểm soát lạm pháp, mà còn hạn chế nguồn vốn NHTM đầu tư vào khu vực công, để dành nguồn vốn nhiều hơn đầu tư cho khu vực sản xuất kinh doanh.