Tiêu chí xác định DN nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao là đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định tại Luật Công nghệ cao, tạo sản phẩm nông nghiệp có chất lượng, giá trị và hiệu quả cao, doanh thu từ sản phẩm nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao của DN đạt ít nhất 60% trong tổng số doanh thu thuần hằng năm; có hoạt động nghiên cứu, thử nghiệm ứng dụng công nghệ cao, chuyển giao công nghệ để sản xuất sản phẩm nông nghiệp, áp dụng các biện pháp thân thiện môi trường, tiết kiệm năng lượng trong sản xuất... Giấy chứng nhận DN nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao có hiệu lực 5 năm kể từ ngày cấp.
Quy định về công nhận DN nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao đã có từ năm 2010 nhưng đến nay, cả nước mới có gần 30 DN được cấp. Thời gian qua, có nhiều chính sách ưu đãi dành cho nông nghiệp công nghệ cao nhưng DN khó tiếp cận vì không có giấy chứng nhận trên nên Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề xuất giao cho các địa phương tự chủ trong việc cấp giấy, tạo thuận lợi hơn cho DN.